L’association, créée en 1987 par Jean Courtieu avec pour titre « Association des Amis des Archives du Doubs et de Franche-Comté », change de nom en 2006  et devient « Amis des Archives de Franche-Comté » (AAFC) dans le but d’étendre son rayonnement à toute la région.

Elle organise de nombreuses activités, destinées à un large public professionnel ou amateur, pour faire mieux connaître et valoriser tout document  d’archives susceptible d’intéresser l’histoire des Francs-comtois et de la Franche-Comté.